Das Bauprojekt «Johannesbau» stieß bei den Baubehörden in München sowie bei den umliegenden Anwohnern auf erheblichen Widerstand. Deshalb wurde die Initiative für den «Johannesbau» nach Dornach in die Schweiz verlegt. Diese neue Möglichkeit ergab sich, nachdem von Emil Grosheintz in diesem kleinen Ort in der Nähe von Basel ein geeignetes Baugrundstück für ein solches Bauprojekt zur Verfügung gestellt wurde.
Auch der Sitz des Vereins wurde nach Dornach verlegt, wo er Vermögensträger für den Johannesbau wurde und als solcher 1913 ins Handelsregister eingetragen werden musste.
Zur Struktur dieses Vereins:
Auch der «Johannesbau-Verein» in Dornach sollte Vermögensträger des geplanten Baus werden und zudem Träger einer Freien Hochschule für Geisteswissenschaft. Deshalb wurde auch dieser Verein von Anfang an mit «hierarchisch strukturierten Statuten» versehen. Wie schon im Münchner «Bauverein» wurde auch hier die Anzahl der ordentlichen Mitglieder bewusst klein gehalten. Der Verein durfte laut Satzung lediglich 12 ordentliche, also stimmberechtigte Mitglieder haben. Aus dem Kreis dieser insgesamt 12 stimmberechtigten Mitglieder wurde der Vereinsvorstand gebildet, der aus 10 Mitgliedern bestand.
Emil Grosheintz, der das Baugelände in Dornach organisiert und zur Verfügung gestellt hatte, wurde jetzt 2. Vorsitzender, und nach dem Tode Sophie Stindes im Jahre 1915 wurde Emil Grosheintz 1. Vorsitzender des «Johannesbau-Vereins«.
Zur Struktur dieses «Bauvereins» gehörte zudem, dass es seit der Vereinsgründung in Dornach im Jahre 19013 in den Vereinsstatuten immer einen «Ausschluss-Paragraphen» gab, nach dem ein Mitglied jederzeit und ohne Angaben von Gründen durch den Vorstand aus dem Verein ausgeschlossen werden konnte. Außerdem gehörte es zu den Aufgaben des Vorstandes, über die Aufnahme von Mitgliedern zu entscheiden.
In der Vereinsstruktur bestand also von Anfang an ein zentraler Unterschied zwischen dem «Bauverein» und der während der Weihnachtstagung 1923/1924 gegründeten «Anthroposophische Gesellschaft». In dieser freien Mitgliedergesellschaft war es den Mitglieder und örtlichen Gruppen überlassen, über die Aufnahme von neuen Mitgliedern zu entscheiden, nicht so im «Bauverein».
Bereits im September 1913 wurde mit den Bauarbeiten des Goetheanums, wie der Bau später genannt wurde, begonnen. Nach der Grundsteinlegung am 20. September 1913 gingen die Bauarbeiten sehr zügig voran, so dass schon am 1. April 1914 das Richtfest gefeiert werden konnte.